Em 29 de janeiro de 1839, Darwin casou com sua prima Emma Wedgwood em Maer. Depois de primeiro morar em Gower Street, Londres, o casal mudou para Down House em Downe em 17 de setembro de 1842. Os Darwin tiveram dez filhos, três dos quais morreram prematuramente. Muitos deles e de seus netos alcançaram notabilidade.
William Erasmus Darwin (27 de dezembro de 1839–1914)
Anne Elizabeth Darwin (2 de março de 1841–22 de abril de 1851)
Mary Eleanor Darwin (23 de setembro de 1842–16 de outubro de 1842)
Henrietta Emma "Etty" Darwin (25 de dezembro de 1843–1929)
George Howard Darwin (9 de julho de 1845–7 de dezembro de 1912)
Elizabeth "Bessy" Darwin (8 de julho de 1847–1926)
Francis Darwin (6 de agosto de 1848–19 de setembro de 1925)
Leonard Darwin (15 de janeiro de 1850–26 de março de 1943)
Horace Darwin (13 de maio de 1851–29 de setembro de 1928)
Charles Waring Darwin (6 de dezembro de 1856–28 de junho de 1858)
Muitos dos seus filhos sofreram de doenças ou fraquezas e o temor de Darwin de que isto se devesse ao fato de que ele e Emma eram primos foi expresso em seus textos sobre os efeitos do acasalamento entre indivíduos de linhagens mais próximas (inbreeding) ou mais distantes (crossing).
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